• 熱線電話:010-56107385

聯系方式

地 址:北京市昌平區北清路生命科學園博雅CC -9號樓2層
電 話:010-56107385
傳 真:
郵 箱:support@ori-gene.cn

降解組測序

您現在的位置:首頁 > 科研服務 > RNA領域 > 降解組測序

降解組測序

產品描述信息

     降解組測序主要針對miRNA介導的剪切降解片段進行深度測序,從中篩選miRNA作用的靶基因,并結合生物信息學分析確定降解片段與miRNA的精確配對信息。該技術能從細胞或組織中準確高效地篩選出miRNA的靶基因,為研究miRNA與其對應的靶基因的相互關系提供準確、高效的篩選手段。降解組測序技術已被廣泛應用于靶基因功能研究、生物性狀控制研究、發育進展研究、致病機理研究及藥物研發等領域。

產品詳細信息

 

1、高通量:一次測序可獲得1000萬條以上的序列信息,可充分覆蓋該物種中的所有mRNA降解片段;
2、高準確性:能夠實現從幾個到幾十萬個拷貝的精確計數;
3、高分辨率:可以精確檢測至單堿基差異;

4、重復性好:深度測序保證了檢測的隨機性,背景噪音低,不需要技術的重復;

5、一站式服務:提供miRNA鑒定、靶基因篩選等研究的全套完整解決方案

            樣品類型:RNA

       樣品濃度:RNA濃度≥500 ng/ul

       樣品總量:RNA用量> 500ug;單次文庫制備用量250ug,為保證實驗的順利進行,因此需保證樣品總量大于2次以上的建庫用量(不包括樣品檢測損耗);

       樣品純度:OD260/2801.8~2.2OD260/230≥1.0260nm處有正常峰值;

       RNA完整性:總RNA 28S/18S≥1.5。(距送樣日最近的電泳結果)

【案例一】:通過對大豆種皮與子葉不同生長時期的材料進行降解組測序,分別鑒定出145個已知的miRNAs靶基因,并發現了25個新miRNAs靶基因在子葉中特異表達,12miRNAs靶基因在種皮中特異表達;與未成熟種子的子葉相比,成熟后期種子的子葉中miRNAs靶基因較多;GO注釋結果表明miRNA靶基因在種子萌發過程中參與多種細胞過程,在大豆種子發育過程中發揮著重要的作用;

圖1 miRNA剪切位點分析
圖2 miRNA靶基因GO注釋分析
 
【案例二】:利用降解組測序技術對葡萄葉組織進行研究,結果鑒定得到122個已知的葡萄特異mRNA靶基因和44個新的葡萄特異miRNA的mRNA靶基因。

[1]Bracken CP, Szubert JM, Mercer TR, et al. Global analysis of the mammalian RNA degradome reveals widespread miRNA-dependent and miRNA-independent endonucleolytic cleavage. Nuleic Acids Res. 2011, 39(13):5658-68.

[2]Song QX, Liu YF, et al. Identification of miRNAs and their target genes in developing soybean seeds by deep-sequencing. BMC Plant Biology. 2011,11:311-317.

[3]Shamimuzzaman M, Vodkin L. Identification of soybean seed developmental stage-specific and tissue-specific miRNA targets by degradome sequencing[J]. BMC genomics, 2012, 13(1): 310.

[4]Yang X, Wang L, Yuan D, et al. Small RNA and degradome sequencing reveal complex miRNA regulation during cotton somatic embryogenesis[J]. Journal of experimental botany 2013.

欧美色图 亚洲图片 性插图 色情图片 偷拍图片 欧美图片